【饮用水水源】修订草案二次审议稿规定，水污染防治应当坚持预防为主、防治结合、综合治理的原则，优先保护饮用水水源，严格控制工业污染、城镇生活污染，防治农业面源污染，积极推进生态治理工程建设，预防、控制和减少水环境污染和生态破坏。

　　【考评政府】为落实地方政府保护水环境的责任，二次审议稿中，增加了“国家实行水污染环境保护目标责任制和考核评价制度，将水环境保护目标完成情况作为地方人民政府及其负责人考核评价的内容”。

　　【保护补偿】为鼓励保护水环境，统筹区域发展，修订草案二次审议稿规定：“国家通过财政转移支付等方式，建立健全对位于饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游的经济不发达地区的水环境生态保护补偿机制。”

　　【过罚相当】对初次审议稿中超标排污罚款10万元以上100万元以下的规定，有人提出，这不能充分体现“过罚相当”的原则，也难以较好地解决“违法成本低”的问题。二次审议稿作如下修改：一是对超标排污的罚款数额，按照排污者应纳排污费的倍数确定。二是对限期治理期间，通过限制生产、限制排放不能消除对环境的严重危害的，可以责令停产整治；逾期未完成治理任务的，由有关人民政府责令关闭。

　　【赔偿诉讼】让污染者对所造成的污染损害承担应负的民事赔偿责任，修订草案二次审议稿在原规定的基础上进行了四点补充：一、因水污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。二、因水污染危害受到损失的当事人人数众多的，可以依法由当事人推选代表人进行诉讼；环境保护主管部门和有关社会团体可以依法支持因水污染危害受到损失的当事人向人民法院提起诉讼。三、国家鼓励法律服务机构和律师为水污染损害诉讼中的受害人提供法律援助。四、因水污染引起的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷，当事人可以委托环境监测机构提供监测数据。环境监测机构应当接受委托，如实提供有关监测数据。